17日午前10時25分ごろ、「船が燃えているので助けてほしい」との通報が竹富町の黒島西方800メートルの海上にいる遊漁船の船長から石垣海上保安部にあり、同部の巡視艇が同日午前11時10分ごろ、現場海域に急行した消火活動を開始したが、遊漁船は同日午後2時2分ごろ全焼し沈没した。
同保安部の調べによると、船長の話から遊漁船は同日午前9時半ごろ、客6人とスタッフ3人が乗船して石垣港を出発。黒島沖に到着したところ、急にエンジンの回転数が下がってきたため、いかりを入れてエンジンを停止させようとしたが、止まらずエンジン付近から出火したという。
同午前10時半ごろ、事故現場付近にいた別のダイビング船に全員移乗した。けが人はいない。同保安部で原因を調べている。