石垣島では１２日午前、梅雨前線に南から湿った空気が入った影響で一時大荒れの天気となり、石垣島地方気象台では１時間当たりの降水量最大値が１２６㍉と、１９８９年５月日の１２２㍉を上回り、観測史上最大値を更新した。市内では複数箇所で冠水被害と落雷による信号機の滅灯が発生。車両の水没や床下浸水の被害もあった。

　この日、同気象台では午前７時２分までの１時間で１２６㍉を観測。１２日午前０時から午前１０時までの１０時間では１６０㍉を記録した。
　同気象台の前身、中央気象台附属石垣島測候所が創立された１８９６年の統計開始後、これまでは１９８９年５月１９日の１２２㍉が最高値だった。
　八重山地域の日最大１時間降水量では、与那国島のアメダス所野観測所で２０１５年４月１９日に１３０・５㍉、石垣島のアメダス川平観測所で２０００年１１月１２日に１２７㍉を記録している
　市防災危機管理課によると、大雨による冠水は７カ所、３台の車両が水没などの被害にあった。大川地区では床下浸水も１件あったという。
　大雨を受け、メイクマン石垣店前の市道南大浜線では、八重山署と市の職員がドライバーに迂回を求めるなど、交通規制を行なった。
　石垣島地方気象台では同日午前６時１５分に市で大雨警報、竹富町で午前６時４６分に大雨警報を発表し、午前６時５４分には市と町に洪水警報も発表。午前９時５２分に大雨・洪水警報が解除され、いずれも注意報に切り替えた。