政府が有事を見据え、自衛隊などが円滑に利用できるようインフラ機能を強化する「特定重要拠点（特定利用）港湾」に石垣港を指定する方針を固めたことを受け、石垣市議会の野党連絡協議会（長浜信夫会長、７人）は２８日、市役所で記者会見し「（石垣港が）事実上の軍民共用施設に変容し、軍事利用につながるのではないか」と抗議した。

　発表した声明では、指定によって石垣港で自衛隊や米軍の訓練が行われる可能性を危惧。「国の都合のいい説明を安易に受け止めるわけにはいかない」と批判した。
　県管理空港の新石垣空港などに関しては、玉城デニー知事は指定に同意しない姿勢を示している。声明では「県の慎重な姿勢と指摘は十分に理解できるものであり、県を批判する中山（義隆）市長の発言は全く当たらない」と強調。新空港の滑走路延長も、中山市長の独断では決定できないとの認識を示した。
　長浜会長は「中山市長が指定に前のめりになっている。本来なら慎重な対応が求められるのに、市長は将来にわたって責任を取ることができるのか問いたい」と、指定に前向きな中山市長の姿勢を疑問視。
　砥板芳行氏は、指定は自衛隊配備と同等の重大問題だとの認識を示し「市長選でも全く争点になっておらず、判断材料もないのに、市長が勝手に指定を進めていいのか。石垣港が将来、軍港化されるかも知れない」と糾弾した。
　大道夏代氏は「中山市長は市民の小さな声を全く無視し、国の大きな声しか聞かない。市民に説明がないまま、どんどん軍事化が進んでいる」、井上美智子氏は「市民の命を守らないといけない市長が指定をＯＫするのは許されない」と語気を強めた。
　田盛英伸氏は、有志が波照間島住民を対象に空港の軍民共用化の是非を問うアンケートを実施したことを挙げ、石垣市民の意思も確認すべきと訴えた。内原英聡氏は「石垣島の未来を考える上で、軍拡を進めるのか、近隣諸国とお互いに栄えるのか、どちらが正解か問われている」と述べた。