石垣市議会（平良秀之議長）９月定例会の最終本会議が１７日、同事業で開かれ、「辺野古米軍基地建設のための埋め立ての賛否を問う県民投票条例」に反対する意見書を賛成多数で可決した。県民投票条例が「政治的主義主張に公費を使うもの」と問題視した内容。
　提案者の砥板芳行氏は県民投票について、「辺野古米軍基地建設のための埋め立ての賛否のみを問うもので、米軍普天間基地移設計画の主眼となる危険性の除去について県民の意思を示すものでない」と位置付け、「一定の政治的主義主張に公費を使用して訴えるものだ」など提案理由を説明した。

　野党４氏が反対討論し、新垣重雄氏は「県民の民意を問う大事な住民投票。石垣市で否定するのはいかがなものか」と疑問視。長浜信夫氏は「県民、市民の民主的な方法を抑えるというのは議会の圧力になる」と反論した。
　宮良操氏は「県議会で可決もされていない条例案に、可決されたかのように反対している。理解のあり方が問われる」と問題提起し、内原英聡氏は「市議会の歴史に残る大きな恥であり、暴走だ」と指摘した。
　賛成討論した仲間均氏は「辺野古埋め立ての賛否だけを問うのは愚問。裁判の判断も無視だ。費用も５千万円で高額」と述べ、「県民投票を行った事例は４７都道府県で、大田県政時代の１例だけ。県知事選で、辺野古反対の知事が誕生している」と主張した。
　採決では与党と保守系野党の砂川利勝氏の計１１人が賛成した。公明党の石垣達也氏は退席した。
　意見書の宛て先は、県知事、県議会議長、地元選出の県議。