辺野古移設に対しては容認派の中でも温度差があり、県内で積極的な「賛成」の声はほとんど上がらないのが実情。自民党は県議会の与野党協議で、回答を「普天間飛行場移設のための辺野古埋め立てはやむを得ない」などの３択にするよう要求したが、与党に拒否された。
　５市の市長からは「単に『○』か『×』かを市民に迫るのは乱暴だ」との意見もあった。回答の選択肢が「賛成」「反対」「どちらでもない」であることは「賛成」ではない容認派が動きにくかった一因となっている。
　宮古島市議会の意見書では「安全保障政策の面でも一自治体の住民が地域を超えて決することは、国全体に影響を及ぼすものであり、なじまない」と述べ、安全保障問題を県民投票のテーマにすべきでないと強調。移設反対の玉城デニー氏が当選した知事選で「民意が出た」とされたにもかかわらず、５億５千万円の県費を投じて県民投票を実施することの意義も疑問視した。