新型コロナウイルス感染症の位置付けが８日、「２類相当」から「５類感染症」に移行した。これに伴い、八重山保健所による管内の感染者数発表は８日で終了するが、２日現在では２万２１６０人となっている。八重山で初の感染確認から３年。医療体制の脆弱な離島で住民生活に甚大な影響を与えた疫病との闘いは、大きな区切りを迎えた。
八重山で初の感染者が確認されたのは２０２０年４月13日。石垣市の２人で、離島では初の感染例だった。
７月30日には美崎町の風俗店従業員６人の感染が判明し、クラスター（感染者集団）へと拡大。８月１日に県独自の２回目の緊急事態宣言が発令されると、８月４日には、この風俗店従業員らと西表島でバーベキューをした竹富町の19歳男性会社員の感染が分かった。同町初の感染例で、恐れられていた小規模離島への感染拡大が現実となった。
21年５月、石垣市で感染が急拡大。人口10万人当たりの１週間の新規感染者スが全国最悪の沖縄県を（１２４人）を上回る２１１人となった。
事態を憂慮した中山義隆市長は５月31日、市独自の非常事態を宣言。全市民に病状の有無にかかわらず６月１日から15日までの自宅待機を求め、小中学校も臨時休校とした。
８月27日、与那国町の特別養護老人ホームで入所者、職員合わせて34人が感染。県は医師、看護師らを派遣したが、軽症の職員が入所者の世話を続けるなど、離島医療が逼迫（ひっぱく）した。
22年４月25日、県立八重山病院が一般外来を停止。職員、患者11人が相次ぎ感染したためで、基幹病院の医療崩壊が現実となり、住民には不安が広がった。
６月28日、県は玉城デニー知事の感染を発表。７月６日、八重山で一日の感染者が２２７人に達し、この時点で過去最多に。八重山病院は同年７月11日から再び一般外来を停止する事態に追い込まれた。
７月の月間感染者数は６７６５人。前月の１３３７人から５倍の急増。感染力が強いオミクロン株の変異型「ＢＡ・５」への置き換わりが要因と考えられた。
同年９月３日、累計患者数が１万９０００人超え。11月５日には２万人を超えた。