県議会が２６日、米軍普天間飛行場の辺野古移設の是非を問う県民投票条例を可決したことを受け、石垣市議会の与党市議は「県が各市町村を納得できるような説明をするのか、そのまま県民投票を強行するのか、対応を注視したい」と話した。石垣市議会は県民投票に反対する意見書を決議している。市が県民投票の実施に必要な予算を議会に提案しても、否決する可能性がある。その場合、石垣市では県民投票が実施できなくなる。

　市関係者によると、市長が専決処分で予算を支出する手法もあるが、中山義隆市長は県民投票の意義を疑問視する発言をしており、実施には消極的と見られる。
　与党市議は「県民投票の予算案が提出された場合の対応については、まだ協議していない」と今後の対応に含みを持たせる。ただ意見書では県民投票について「一定の政治的主義主張に公費を主張して訴えるもの」と述べ、移設反対派が国との裁判闘争を有利に進めるための手段と指摘している。与党市議は「国防や安全保障に関する問題は住民投票にそぐわない。他の市町村でも（県民投票に反対する）動きが広がってほしい」と期待した。
　県民投票条例案を審議した県議会の特別委員会でも、自民党の県議から「５億５千万円の予算があれば、子育て支援や老人介護などに流用できる」「（普天間返還合意から）２０年も経ったものを改めて問うことには違和感がある」などと批判する声が相次いだ。