単純に「米軍基地の建設に賛成か、反対か」と問われれば、県民感情として反対が上回るのは目に見えており、初めから誘導的な設問ではないかという疑念は拭えない。
　宮古島市議会の意見書では、知事選で辺野古移設に対する県民の意思は示されていること、県民投票の予算５億５千万円は子どもの貧困対策に活用すべきことも挙げた。県民投票で安全保障問題を問うことは「国全体に影響を及ぼすものであり、なじまない」とも述べた。いずれも妥当な指摘である。
　県民投票の予算が議会で否決された場合、首長は再議に付し、再度否決されても予算を執行できる。県民投票を実施するかどうかは、最終的には首長の判断ということになる。
　県はあくまで実施を求める姿勢だが、仮に県民投票の拒否を貫く自治体が相次ぐことになれば、県民投票は有名無実化する。もともと、県民投票に法的拘束力はない。辺野古移設はそもそも県民投票で問うべきテーマではないという批判を裏付けることになるだろう。
　石垣市では同時並行で、平得大俣地区への陸上自衛隊配備の是非を問う住民投票の実施を目指す動きも進んでいる。条例制定の直接請求成立は確実な情勢だが、市議会で慎重審議が求められるのは言うまでもない。