新型コロナウイルスの感染防止に向け、石垣市は職員同士の接触機会を減らすため、１６日から各課の勤務体制を原則２交代制に変更した。各課で２グループをつくり、それぞれ原則、隔日勤務とし、出勤しない職員は在宅勤務とする。２交代勤務は５月６日まで。市内では既に２人の感染が確認されており、中山義隆市長は１５日の記者会見で「何としてもこれ以上の感染拡大を止めたい」と強調した。

　勤務形態などから隔日勤務が困難な課は、午前、午後の交代勤務も可能とした。
　情報流出を防ぐため、在宅勤務の職員がパソコン、ＵＳＢや個人情報の入った書類を持ち出すことは認めない。在宅勤務中は「懸案事項の研究、所属課の課題分析、事務の作業工程表の見直し」などに取り組むよう指示した。
　土日、休日の出勤は原則は禁止。休憩時間帯も午前１１時以降、正午以降、午後１時以降に分散した。
　学校の休校措置などで子どもの面倒を見る人がいない職員は、子どもが小学校３年以下の場合、特別休暇扱いする。不急の出張は原則禁止することも決めた。屋内でのマスク着用、窓口の消毒、庁舎内の換気の実施なども求めた。
　２交代制導入に伴い、市民保健部市民課は窓口の対応時間が平日の午前８時半から午後５時１５分までとなり、終了時間が現在より４５分繰り上がる。ただし、正午から午後１時も通常通り窓口で対応する。
　健康保険課の窓口は毎週木曜日の夜間窓口を休止する。
　市によると、県内１１市では石垣市のほか、沖縄市、うるま市、豊見城市が２交代制を導入した。他の市でも導入の動きがある。
　市は、２交代制導入などで出勤する職員数を減らし「密集・密閉・密接の『３密』を避ける。職場でも職員同士の距離を極力保つ」（総務課）としている。