石垣市は、都市計画に関する基本的な方針である「都市計画マスタープラン」の全面改定を進めている。２０１１年の策定以来、初の全面改定。現況の土地利用などを踏まえ、島内を「市街地」「緑地」「自然海岸」「田園」の４ゾーンに区分し、都市環境と自然環境が調和した土地利用の誘導を目指す。３月中旬の都市計画審議会で改定案に対する意見を聞き、月末ごろに改定作業を終える予定。
市の人口と都市機能は石垣港中心の市街地に集中しているが、広範囲が津波災害警戒区域などに指定されており、津波襲来時には甚大な被害が出る恐れがある。
改定案では、市街地エリアと連担する用途地域指定区域北側の高台エリアを「防災対応準備区域」に位置付け、津波、高潮に強い市街地の形成を目指す。
緑地ゾーンは希少野生生物が生息する森林区域や西表石垣国立公園の特別保護地区、特別地域。豊かで多様性に富んだ自然環境の保全と活用を図る。
サンゴ礁が発達した西表石垣国立公園の海浜公園地区、普通地域は自然海岸ゾーンに位置付ける。農地や既存集落などは田園ゾーン。無秩序な都市的土地利用の抑制、伝統的な集落景観の保全に努める。
島内に「都市拠点」「交流拠点」「みどりの拠点」「歴史・文化拠点」の４拠点を設ける。
交流拠点は新石垣空港や石垣港など、市の玄関口として人・モノが集積する場所。歴史・文化拠点は観音堂歴史公園やフルスト原遺跡などを指し、市民のレクリエーションや観光・学習の場とする。
各拠点と道路配置状況などを勘案し①公共交通によるネットワークを形成する「交流軸」②自然、歴史、文化的な骨格である「みどりの軸」③人やモノの流れのネットワークである「都市軸」―の概念も設ける。
各拠点が相互に連携・補完できるようにする。
市は２０２０年10月から22年２月まで計３回の同プラン策定委員会を開き、改定案をまとめた。パブリックコメント（市民意見募集）、改定案の公告縦覧も終えている。
同プランは新石垣空港開港、東日本大震災などの出来事や社会情勢を踏まえた改定作業が求められており、18年には一部改定されていた。