下地市長は「議会の議決は住民から選ばれた議員が判断したもので、大変重い。これらを踏まえて議決を尊重する」とのコメントを出した。取材に対しては「辺野古に基地を移転する事項は国防上の問題で国の専権事項であり、沖縄が方向を変えることはできない」と強調した。
　宮古島市議会は１２日に「玉城氏の当選で既に県民の意思は示されており、再度の意思確認は必要がない」として、県民投票実施に反対する意見書を可決した。
　石垣市の中山義隆市長は１８日の市議会一般質問で「県民投票をやること自体が必要ないというのが私の認識だ」と述べ、反対を明言した。「５億５千万円の県民の税金を使って、法的拘束力もない。（条例制定を請求した団体は）民主主義にはお金がかかるというが、むだな５億５千万円を使うくらいなら県民投票はする必要はない。議会が必要ないと判断すれば、尊重したい」と強調した。
　石垣市議会は９月に県民投票に反対する意見書を県内で初めて可決したが、その後、複数の市議が県民投票に賛成する姿勢に転じた。２５日に県民投票の予算案を採決するが、賛否は拮抗（きっこう）している。