政府は２１日に閣議決定した２０１９年度予算案で、沖縄振興費を１８年度当初と同額の３０１０億円とした。新たな枠組みとして市町村の事業を国が直接支援する「沖縄振興特定事業推進費」を設け、３０億円を計上。北部の地域振興、子供の貧困緊急対策などを前年比で増額した。一方、県が使途を自由に選べる一括交付金は９５億円減の１０９３億円となった。

　沖縄振興特定事業推進費はソフト一括交付金を補完し、特に沖縄の自立的発展に向け、迅速・柔軟に対応すべき事業を推進する市町村向けの予算。財政規模が小さく、臨機応変な財源捻出が困難な市町村に配分される。
　「返還基地跡地利用のモデルケース」（宮腰光寛沖縄担当相）としての沖縄健康医療拠点の整備は前年比５６億円の大幅増となる５９億円。西普天間住宅地区跡地で、琉球大医学部と同附属病院を移設し、国際医療拠点を整備する。辺野古を含む県北部地域の振興には前年比９億円増の３５億円を充てた。
　大規模災害時に観光客の安全を確保する新規施策は１０億円、子どもの貧困対策は前年比１億円増の１３億円とした。離島市町村の扇動的な事業を支援する沖縄離島活性化推進事業は前年比同額の１２億円。製糖業の体制強化を図る沖縄製糖業活性化強化対策事業は前年比１０億円増の１２億円となった。